Secondo Tucidide, Selinunte venne fondata nel 628 a.C. da coloni greci provenienti da Megera Hyblaea, in un territorio abitato dagli Elimi. Da una parte il mare, dall'altro un ampio e fertile altopiano che si stende fino a Segesta, sempre motivo di ostilità fra le due città. Nonostante gli scontri, la città prosperò e nel 570 a.C. fondò la subocolonia di Eraclea Minoa. La ricchezza accumulata favorì la tirannia e i primi tiranni diedero alla città un assetto grandioso, con la costruzione di numerosi templi.  All'inizio del V secolo a.C. la ricca aristocrazia, appoggiata da Cartagine, si ribellò alla tirannia e uccise il tiranno Eurileonte. La città ebbe un atteggiamento filo cartaginese anche nello scontro tra Cartagine e Siracusa (culminato nella battaglia di Himera nel 480 a.C. vinta da Siracusa), mantenendosi neutrale. Nella seconda metà del V secolo aumentarono le ostilità con Segesta ed entrambe le città cercarono alleati.

 Da quel momento in poi, a parte una breve occupazione dei siracusani Ermocrate e Dionigi, quel che resta della città è in mani puniche, fino alla Prima Guerra Punica del 250 a.C., quando la città viene definitivamente abbandonata e mai più ricostruita.

[Queste brevi note sono state realizzate con il contributo di Archeo Guide - L'Italia dei Greci (N.d.R.)]