Il Museo Archeologico dell'Umbria di Perugia ha sede, dal 1948, nel complesso architettonico di San Domenico. Nel 1957 le collezioni dei Musei Civici sparse in varie sedi vengono qui riunite da Umberto Calzoni. La maggior parte delle collezioni proviene da scavi ottocenteschi (Biga di San Mariano, bronzi di Castel San Mariano, etc.).

Nel chiostro del convento, in un ambiente sotterraneo, è stata ricostruita la tomba dei Cai Cutu (III-I sec.a.C.), nel chiostro ci sono le urne provenienti dalle necropoli di Perugia, nel salone reperti umbri e reperti etruschi (dall'età del Ferro alla "romanizzazione"), in una sala il Biga di San Mariano. Poi reperti preistorici (da Belverde di Cetona), villanoviani, romani.

Tra i reperti più importanti del Museo, il famoso Cippo Perugino, in travertino, rinvenuto nel 1822 a San Marco di Perugia, del III secolo a.C., riportante la trascrizione di un un atto giuridico tra la famiglia dei Velthina di Perugia e degli Afuna Chiusi riguardante l'uso di una proprietà sulla quale si troverebbe una tomba gentilizia dei Velthina.

All'ingresso del Museo, in Piazza Giordano Bruno, di fronte alla chiesa di San Domenico, la lapide che ricorda Giordano Bruno e i suoi "carnefici".